Sekilas Sejarah
Pusat Pengendalian Pembangunan Ekoregion Jawa (P3EJ) telah eksis sejak tahun 2005. Dalam perkembangannya P3E Jawa telah mengalami beberapa kali transformasi.
Tahun 2005
Terbentuk pertama kalinya dengan nama Pusat Pengelolaan Lingkungan Hidup (PPLH) Regional Jawa. Sesuai dengan amanat Permen Nomor 1 Tahun 2005 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kementerian Negara Lingkungan Hidup RI. PPLH Regional Jawa diresmikan oleh Menteri Lingkungan Hidup Prof.Dr. Ir. Rachmat Witoelar pada tanggal 12 September 2005, di Hotel Sheraton Yogyakarta. Dalam mengemban tugasnya, lembaga baru ini berkantor di Jl. Ringroad Utara Blok A. 3—12, Mancasan Depok Timur Sleman, Yogyakarta.
Tahun 2008
Pusat Pengelolaan Lingkungan Hidup (PPLH) Regional Jawa menempati kantor baru yang berada di Jl. Ringroad Barat No.100 Nogotirto, Sleman, Yogyakarta 55292.
Tahun 2010
PPLH Regional Jawa mengalami perubahan nomenklatur dari Pusat Pengelolaan Lingkungan Hidup Regional Jawa menjadi Pusat Pengelolaan Ekoregion Jawa (PPEJ). Perubahan ini berlaku sejak dikeluarkannya Peraturan Menteri Negara lingkungan Hidup No.16 tahun 2010 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kementerian Lingkungan Hidup. Permen tersebut selanjutnya disempurnakan dengan Permen LH No. 18 Tahun 2010.
Tahun 2015
Presiden Joko Widodo pada tanggal 21 Januari 2015 menggabungkan lembaga Kementerian Lingkungan Hidup dan Kementerian Kehutanan menjadi Kementerian Lingkungan Hidup dan Kehutanan melalui Perpres Nomor 16 Tahun 2015 tentang Kementerian Lingkungan Hidup dan Kehutanan. Selanjutnya pada tanggal 14 April 2015, PPEJ mengalami perubahan nomenklatur dari Pusat Pengelolaan Ekoregion Jawa menjadi Pusat Pengendalian Pembangunan Ekoregion Jawa (P3EJ). Perubahan ini berlaku sejak dikeluarkanya Peraturan Menteri Lingkungan Hidup dan Kehutanan Nomor 18 Tahun 2015 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kementerian Lingkungan Hidup dan Kehutanan.
Tahun 2021
P3EJ menjalankan tugas dan fungsi baru dengan struktur organisasi yang lebih ramping sesuai dengan amanat Permen LHK No.15 Tahun 2021 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kementerian Lingkungan Hidup dan Kehutanan.